医院污水处理设备的水质特点是含有大量的病原体-细菌和病毒。例如，结核病医院的污水每升可以检测到数十万到数百万的结核病杆菌。医院污水还含有消毒剂、药物、试剂等化学物质。使用放射性同位素的医院污水也含有放射性物质。医院污水量与医院的性质、规模和气候有关，一般为每张床每天200 ~ 1000升。

医院污水处理主要是消毒，即杀死病原体。常用的方法有氯化消毒或臭氧消毒（见水消毒和废水氧化）。

医院排放的放射性废水通常采用储存衰减法处理。医院常用的放射性同位素，如131碘、32磷、198金、24钠等。它们都是半衰期短的同位素，因此放射性污水可以储存在特殊的地下衰变池中10倍的半衰期，从而将放射性浓度降低到允许的排放水平。如果放射性污水浓度很低，水量很小，也可以用稀释法处理。中国的《放射性保护条例》要求每个微型住宅的放射性同位素稀释1.67 m3.当放射性污水浓度高，放射性半衰期长，不适合储存或稀释时，可采用蒸发、离子交换或混凝沉淀(见放射性污水处理)进行分离浓缩处理。

医院污水处理不达标一直是危害环境的重要因素。经有关部门长期调查研究，医院污水处理不完善主要有以下因素。

　　1.为了降低污水处理成本，对废水进行分类具有很强的针对性。因此，各种废水处理良好，综合用水仍不达标。

　　2.污水处理采用大量石灰，水质清澈，成本低。然而，通常有30种污泥产生大量污泥%-40%污泥处理产生的废水处理成本。

　　3.进水PH值变化大，污水处理反应池PH控制不稳定。酸碱度不稳定导致沉淀池浑浊。污水质量不稳定，有好有坏。

　　4.污水处理人员责任心不强，操作不仔细，不注意细节。例如，如果进水有问题，应及时停机进行紧急处理。各种仪器和探头都没有经常校准和清洗。准备好的药物浓度不是按工艺要求准备的。为了省事，私下增加浓度。

　　5.表面处理行业的产品在表面处理前需要大量的预处理，其中除油粉含有乳化剂，大量的乳化剂不仅影响COD含量也会影响沉淀池中明矾花的混凝，导致沉淀不良。当沉淀池与上层清水流出大量悬浮固体时，PH重金属离子在值调回时再溶解在水中，导致排出口超标。