由于养殖污水量大、成分复杂、处理后污染物浓度高、稀释水量大、受季节性灌溉影响等原因，处理达标排放，虽然国内外采用的工艺流程大致相同，即固液分离厌氧消化好氧处理。然而，对于我国利润较低的养殖业来说，建设此类粪便污水处理设施所需的投资太大，运营成本太高。养殖污水处理设备是养殖污水处理的专业设备。主要有三种处理工艺：一是固液分离，二是厌氧处理，三是好氧处理。
1、固液分离：无论采用何种系统或综合措施处理畜禽养殖场废水，都需要首先进行固液分离。这是一个非常重要的过程环节。其重要性和意义主要在于：一是一般农场排放的废水中悬浮物含量很高，*高达160000 mg/L，相应的有机物含量也很高，通过固液分离，液体部分的污染负荷可以大大降低；二是通过固液分离，防止大颗粒进入后续处理环节，防止设备堵塞和损坏。此外，厌氧消化处理前的固液分离还可以提高厌氧消化运行的可靠性，减少厌氧反应器的规模和所需停留时间，减少设施投资，提高COD去除效率。固液分离技术一般包括：筛分过滤、离心、过滤、浮选、沉淀、沉淀、絮凝等过程。目前，我国拥有成熟的固液分离技术和相应的设备。其设备类型主要有筛式、卧式离心机、压滤机、水力旋流器、旋转圆锥筛和离心圆盘分离器

 2、厌氧处理：因为养殖废水属于“三高”废水，有机物浓度高，氮磷含量高，有害微生物数量多。因此，厌氧技术已成为畜禽养殖场粪便处理中不可缺少的关键技术。对于养殖场高浓度有机废水，厌氧消化工艺能有效去除大量可溶性有机物，运行成本低，COD去除率85%~90%，并能消除感染性细菌，有利于养殖场的防疫。如果固液分离后直接采用好氧工艺处理养殖废水，虽然一次性投资可节省20%，但由于其耗电量大，耗电耗水高达厌氧处理的10倍，因此，长期运行成本将给农场带来沉重的经济负担。

目前，用于处理农场粪便的厌氧工艺有很多，其中常用的有：厌氧过滤器（AF）、厌氧污泥床复合厌氧反应器、两段厌氧消化、上流式污泥床反应器（USR），近年来，厌氧消化或沼气发酵技术已广泛应用于农业废弃物的处理。截至2002年底，我国畜禽养殖场大中型沼气项目已达2000多个。虽然我国沼气工程建设失败的例子很多，工程建设成功率只有85%，但该技术是解决畜禽粪便污水无害化和资源化利用问题的有效技术方案。牲畜粪便和农场废水是宝贵的资源。经过厌氧消化处理后，既可实现无害化，又可回收沼气和有机肥。因此，沼气工程的建设将是中小型农场粪便废水处理的良好选择

 3、好氧处理：好氧处理是指利用好氧微生物处理养殖废水的过程。好氧生物处理可分为好氧处理和人工好氧处理

 好氧生物处理是利用水体和土壤中的微生物对废水进行净化的方法，也称为自然生物处理，主要包括水净化和土壤净化。前者主要包括氧化池（好氧池、兼氧池、厌氧池）和养殖池；后者主要包括土地处理（缓慢渗透、快速过滤、表面溢流）和人工湿地。自然生物处理法不仅基建成本低、电耗低，而且对有机物、氮、磷等难以生物降解的营养物质和细菌的去除率高于常规二级处理，有的可以达到三级处理的效果。另外，在特定条件下，与污水灌溉相结合，可以实现污水的资源化利用。这种方法的缺点是占地面积大，处理效果易受季节影响。但是，如果农场较小，附近有废弃的沟渠、池塘和海滩可供利用，则应尽可能选择这种方法，以节省投资和处理成本。人工好氧生物处理是采用人工强化供氧来提高好氧微生物活性的废水处理方法。主要包括活性污泥法、生物滤池、生物转盘法、生物接触氧化法、序批式活性污泥法、厌氧/好氧（A/O）法和氧化沟法。从处理效果来看，接触氧化法和生物转盘法的处理效果优于活性污泥法。虽然生物滤池的处理效果也很好，但容易堵塞滤池。氧化沟和a/O工艺属于改良活性污泥法。氧化沟出水水质好，污泥产生量小。也可用于污水脱氮处理，但BOD负荷小，占地面积大，运行成本高。A/O本体是既去除BOD又去除氮的活性污泥处理工艺。该方法投资大，但处理后的水容易达到排放标准。因此，对于养殖规模大、废水量大、经济能力强的养殖场，可选择a/O法；对于中型养殖场，可选择接触氧化、生物转盘等好氧处理工艺。